En los años 50’s del siglo XX se construyó un campo de aviación en Manta. En 1978, se edificó una torre de control y un terminal doméstico; simultáneamente se inauguró el Ala de Combate #23 de la Fuerza Aérea Ecuatoriana y la aerolínea TAME realizaba vuelos regulares desde y hacia Quito.

A mediados de los 90’s, el aeropuerto, gracias a su equipamiento y ventajas operativas, empezó a recibir vuelos internacionales de carga. La Dirección General de Aviación Civil del Ecuador declaró Internacional al aeropuerto “Eloy Alfaro” en 1995.

Debido al terremoto del 2016 la terminal de pasajeros y la torre de control sufrieron fallas estructurales; desde entonces el aeropuerto funcionó en un hangar provisional, mientras se rehabilitaban sus estructuras.

Su ingreso se encuentra a la altura del redondel La Barca, justo donde convergen las vías Puerto-Aeropuerto y Manta-Jaramijó.